二代测序对于肿瘤的意义

阿Q · 发表于 2015-4-16 23:43:12

从去年就在关注，国外的很多临床也已经使用高通量测序。但是由于国内还是新兴技术，大家还都不了解，楼主是否能把简单介绍发上论坛？（可以隐去公司介绍）也免得每个邮箱发~

非常感谢楼主的热心！

bzcnc_bj007 · 发表于 2015-4-17 11:59:41

感谢楼主也给我发一下吧，谢谢！ 2916565956@qq.com;

newlifepku · 发表于 2015-4-17 12:23:07

憨豆精神发表于 2015-4-16 22:55
全部读了这帖，楼主介绍得很清楚，谢谢!
提一个问题：贵公司可否逐一列出全部可检的基因突变和扩增以及高 ...

   感谢交流，首先需确认一下，我的初衷不是来专门推广我们公司的产品，只是一个理念和知识的普及，因为我也对这一领域的工作感兴趣，也无意让那么多患者都一次性检测508个基因，而且公司也在开始包装单个癌种的基因检测项目，目前只有使用血浆检测肺癌相关的10几个基因。有（EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1、RET、HER2、MET、NRAS），肺癌的患者其实也可以选择这个产品，价格低很多。不过由于DNA测序技术的限制，不管是检测这10个基因的产品，还是检测508个基因的大panel，检测的是点突变、小的缺失和插入，基因拷贝数变异和目前已知的融合基因，不涉及蛋白、RNA水平，蛋白可以做免疫组化、RNA可使用QPCR。只所以选择508个基因，是因为肿瘤晚期，会转移到很多部位，每个部位的肿瘤细胞基因突变都不一样，选择的范围小，就可能会漏检，而且很多时候，原发肺癌，检测也许其他癌种的靶向药物、处于临床阶段的靶向药物更好。
   另一个是自由组合和选取的问题，对于二代测序目前检测肿瘤个体化用药，是把DNA提取后，打断成小片段，然后把要检测的基因给捕获下来，再进行高通量测序。目前我们使用的捕获芯片是508个基因的定制芯片，在增减基因数目上，不是很灵活。但是为了基因测序一定是越来越便宜，测全基因组的价格也在下降。主要的成本在生物信息分析、报告解读，即受检者什么基因突变，适合用什么药物，谨慎用什么药物，这些目前都是需要人工来做。一个人一天也就解读两三份报告。
   那508个基因暂时不放了，太多的一个谱系，也不便于患者查找。但我认为未来的趋势是这种检测一定会越来越便宜的，是患者能承受的了的。
至于目前处于临床阶段的药物靶点，其实华大基因有个研究院，是代表国家承担国际人类基因计划的机构，而且是隶属中科院的事业单位，这里的生物信息分析和最新的文献跟踪能力在国内还算是最强的。即在研发和包装这个产品的时候，怎么去解读一个处于临床阶段的靶向药物是否适合患者，都是有科学依据的，付文献参考等（处于临床阶段的靶向药物是不断发表文献报道其临床效果的）。因此在检测报告的逻辑和科学性上，我们这家公司还是很严谨的。

newlifepku · 发表于 2015-4-17 12:26:52

bzcnc_bj007 发表于 2015-4-17 11:59
感谢楼主也给我发一下吧，谢谢！ ;

发你邮箱，被退信了，请看，是否邮箱地址错误

pxf20013253 · 发表于 2015-4-17 12:37:10

要是像憨豆叔说的那样可以以“点菜式”的做检测那就好!

newlifepku · 发表于 2015-4-17 12:37:37

冬日暖阳ZJG 发表于 2015-4-16 21:50
我有疑问。就是凋亡癌细胞能够进入血管的几率是多少，有的原发灶很小，还没有破坏到血管，进入血管的不就 ...

不是凋亡细胞，是细胞凋亡后，变成了碎片，里面的DNA，基因片段都释放出来了，进入了外周血，一段时间后在外周血里被降解了。而且肿瘤细胞在生长时需用血管的养分的，所以它们长到哪里，就会诱导血管长到那个地方。而且肿瘤因为免疫压力、药物压力，是不断进化的，即肿瘤细胞之间也存在竞争，跟药物和免疫系统也存在搏斗，这些都导致肿瘤细胞是不断凋亡的，不断又分裂增殖新的肿瘤细胞，新的细胞有新的突变。所以，肿瘤在很早的时候，就释放到外周血里DNA片段了。
而且肿瘤还释放完整的肿瘤细胞，在外周血里游荡，准备转移，有论文表明，晚期的患者，1g的肿瘤组织，每天释放到外周血里有100万个循环肿瘤细胞，这些当然不能形成转移灶，都在外周血里崩解掉了，DNA也跑到血液里了，抽血是可以检测到的。

因此，不是肿瘤组织破坏了血管，与原发灶很小没有关系，跟这个肿瘤的恶性程度有关，良性的肿瘤，血液里没有这些东西的，恶性的才会，因为这些是它们转移和复发的渠道和工具，是注定伴随它们的特征。
说得这些希望您能理解了