【基因检测，人人可及】基因检测百问百答之MET检测
本帖最后由 基因检测小助手 于 2023-9-12 13:04 编辑MET基因异常是非小细胞肺癌中非常重要的少见驱动基因形式，近年来MET基因检测成为非小细胞肺癌患者的重点关注的检测对象之一。首先，MET14跳突的肺癌患者有可及的获批靶药赛沃替尼，其次MET基因扩增是EGFR-TKI和ALK-TKI靶向治疗重要的耐药机制之一，MET基因扩增的晚期肺癌患者可从MET抑制剂治疗中获益。然而MET基因异常类型多样，检测方法众多，不同方法各有优缺点，如何使患者能够从MET抑制剂治疗以及靶向耐药后的治疗方案中最大程度获益，准确、快速、恰当的使用MET基因检测方法至关重要。
MET基因突变检测什么？
MET 14跳突在NSCLC发生率是3％~4％，在肺肉瘤样癌（PSC）中占较高的比例是4.9%~31.8%。晚期NSCLC患者强烈推荐进行MET 14跳突检测，除此之外，晚期初治和EGFR-TKI耐药后 NSCLC患者推荐进行MET基因扩增检测。可见，MET准确检测是筛选 MET 抑制剂靶向治疗获益的前提。
MET14跳突是肺癌MET驱动基因突变的主要形式，除此之外还包括点突变、扩增和融合，14跳读突变包括经典跳读突变（ex14完全缺失）和非经典跳读突变（部分缺失/突变，导致功能改变），目前已有大于500种MET ex14变异类型。
MET基因突变怎么测？
(1)MET 14跳突怎么测？
MET 14跳突可使用RT-qPCR、DNA二代测序或RNA二代测序进行检测，不同检测方法各有其优缺点，必要时可相互验证或补充检测。
RNA二代测序或qRT-PCR直接检测mRNA水平的MET 14跳突，但对于一些与MET 14跳突功能相似的、特殊且罕见的 MET 变异形式，如Y1003位点氨基酸改变（约占总体阳性的2%）或缺失会漏检。
DNA二代测序更好在DNA水平上检测可能导致MET第14号外显子剪切的基因变异。MET 基因探针覆盖范围不够可能导致基于DNA的二代测序发生漏检，建议二代测序检测应尽量涵盖第14号外显子外的如第13或14号内含子上可能发生剪切变异的区域。
(2)MET 扩增怎么测？
MET基因扩增的检测方法目前主要包括FISH、二代测序等。
FISH常用于MET扩增检测，是业内公认的组织c-MET基因扩增检测的金标准。FISH即荧光原位杂交技术，以荧光探针标记MET基因和7号染色体着丝粒数，计算MET拷贝数及比例，可以直接观察到单个肿瘤细胞的MET扩增状态。但FISH 检测 MET 基因扩增尚无统一的判读标准，目前主要参考 UCCC 标 准 和 Cappuzzo 标准。当MET/CEP7≥2时，判断为局部扩增；当MET GCN≥5且 MET/CEP7<2时，判断为多体。
DNA二代测序方法可以基于测序深度和特定位点变异频率等信息对检测MET基因拷贝数变异进行计算，首选肿瘤组织样本或细胞学样本。相较于FISH，二代测序可同时检测MET扩增、MET突变和融合等其他变异，且能实现多基因共检，在临床实践中应用更广。但使用NGS检测时重点关注。肿瘤纯度和测序深度两个指标，因为肿瘤纯度不够和深度深度不足（组织标准深度500X）可能影响检测结果的准确性。
综上，晚期NSCLC MET检测首选肿瘤组织/细胞学样本，采用包括MET的多基因联检平台（RT‑qPCR或二代测序）检测MET14跳突，DNA二代测序检测结果阴性时，可考虑采用RNA样本补充检测；晚期NSCLC患者尤其是EGFR-TKI耐药后患者推荐FISH检测MET基因扩增。当组织/细胞学样本不可及时，可选择液体活检样本进行MET 14跳突检测。
准确、快速检出MET基因突变是NSCLC实施MET抑制剂靶向治疗以及靶向耐药后选择治疗方案获益的前提。我们在考虑治疗前，需要结合病情和临床诊治需求综合考虑进行基因检测。
2023最新研究中比较组织了NGS、FISH、ctDNA NGS检测一、二、三代EGFR-TKI治疗耐药疾病进展的患者MET扩增分析的一致性。
结果显示：1. 组织NGS与FISH检测总体一致性为83.6%（56/67）。与FISH相比，组织NGS在MET扩增检测中的敏感性和特异性分别为66.7%（14/21）和91.3%（42/46）。对于MET局部扩增，组织NGS的敏感性为78.6%（11/14），特异性为100.0%（42/42），与FISH一致性为94.6%（53/56）。对于MET多体，组织NGS的敏感性为42.9% （3/7），特异性为91.3%（42/46），与FISH一致性为84.9%（45/53）。
2. ctDNA NGS检测与FISH相比，在MET扩增检测中的敏感性为14.3%（3/21，三者均为MET局部扩增），特异性为100.0%（46/46）。
结论：与FISH相比，组织NGS在EGFR-TKI耐药NSCLC患者中MET扩增检测方面显示出了良好的一致性，灵敏度达70%左右，特异性达90%。ctDNA NGS在MET扩增检测方面的敏感性仍需进一步优化和提高。
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